V etapas (1997 m. ruduo -1998 m. pr.). Ypatingas dėmesys skiriamas socialinių mokslų kompetencijos centrams kurti ir stiprinti tam, kad jų patirtis galėtų būti perduota ir kitoms Lietuvos aukštojo mokslo institucijoms. Mokymo procese siekiama įdiegti visiškai Europos akademinius standartus atitinkančias studijų programas ekonomikos, teisės ir politikos mokslų srityse, pradedant bakalauro studijomis ir baigiant doktorantūra. Svarstomas ir tarptautinių programų veiklos formų įvairovės didinimas (pavyzdžiui, “Eurofakulteto” indėlis į tęstinį mokymą). Randasi glaudūs ryšiai tarp Baltijos universitetų profesorių ir studentų, dalyvaujant dėstytojų-partnerių ir studentų-tyrėjų programose. Išleidžiamas pirmasis “Baltic Journal of Economics” numeris. Ima ryškėti nuomonė, kad “infiltracinė” studijų programų politika, keičiant kursą po kurso, ima išsisemti, todėl reikia studentams siūlyti alternatyvias, iš esmės naujas, Vakarų akademinius standartus atitinkančias studijų programas. Taip pat aiškėja, kad teks didesnį dėmesį skirti perkvalifikuotų dėstytojų materialinei paramai tam, kad būtų užkirstas kelias “protų nutekėjimui” iš akademinės sferos į privatų sektorių.

Lietuvą priėmus Europos Sąjungos asocijuota nare, dalyvavimas Europos Sąjungos programose yra pripažįstamas prioritetiniu. Viena pagrindinių tarptautinių programų krypčių -parama Lietuvos aukštosioms mokykloms pasirengti Europos Sąjungos “Socrates” ir “Leonardo” programoms.

Pagrindinės šios orientacijos kryptys:

• struktūriniai pokyčiai aukštųjų mokyklų administracijoje, stiprinant tarptautinių ryšių skyrių darbą;
• studijų programų internacionalizavimas tiesiogiai orientuojant jas į asocijuotos narystės prioritetines kryptis;
• aukštojo mokslo valdymo sistemų tobulinimas, nes Lietuvos aukštojo mokslo integracija į Europos Sąjungos aukštojo mokslo sistemas gali būti pasiekta tik esant adekvačioms aukštojo mokslo valdymo sistemoms, įgalinančiomis Lietuvos aukštąsias mokyklas koordinuoti tarptautinių programų projektus;
• ypatingas dėmesys turėtų būti skiriamas aukštojo mokslo institucijų strateginio valdymo sistemoms diegti.

1.Finansinių lėšų paskirstymo aukštojo mokslo ir studijų institucijoms problema.

Tarptautinių projektų lėšų naudojimas mokslui ir studijoms priklauso nuo projekto kontraktorių ir koordinatorių. Deja, kartais pasitaiko ir nepateisinamų apribojimų aparatūrai įsigyti: nurodoma pirkti tam tikrus firmų ar šalių gamybos prietaisus, kurie netinkami kainos ar savybių požiūriu.

1995-1997 m. daugelyje tarptautinių programų kontraktoriai vengė nurodyti tarptautines lėšas. Stebina ir tendencija nevykdyti finansinių įsipareigojimų. Pavyzdžiui, Kauno medicinos akademijos Psichofiziologijos ir reabilitacijos institutas per 1996-1997 m. dalyvavo dviejuose Europos Sąjungos koordinuojamuose projektuose. Nors ir buvo pasirašytas kontraktas, kuriame numatyta lėšas panaudoti trumpalaikėms stažuotėms, tačiau lėšų negauta. Koordinatorius apmokėjo tik vieno asmens dalyvavimą baigiamajame projekto aptarime bei tolimesnių bendradarbiavimo galimybių svarstyme.