1933 m. pradėjo dirbti Kauno Vytauto Didžiojo universitete Fizikinės chemijos katedroje. Reorganizavus universitetą į Politechnikos ir Medicinos institutus, Jonas Janickis liko dirbti Kauno politechnikos instituto Cheminės technologijos fakulteto Fizikinės chemijos katedros vedėju. 1956 m. išrinktas Lietuvos mokslų akademijos tikruoju nariu.

Daug metų dirbdamas Kauno politechnikos institute, skaitė įvairius paskaitų kursus, iš kurių svarbiausi – fizikinė chemija ir technologinių procesų teorija. Parašė vadovėlį “Fizikinė chemija” (dvi laidos) ir kitų vadovėlių, kuriais plačiai naudojasi Kauno technologijos universiteto ir kitų aukštųjų mokyklų studentai.

Kauno technologijos universiteto Cheminės technologijos fakulteto Fizikinės chemijos katedroje buvo rengiami neorganinių medžiagų ir cheminių trąšų technologijos specialybės inžinieriai. Prof. J. Janickis buvo šios specialybės rengimo Lietuvoje iniciatorius. Ištisos chemikų inžinierių kartos, dirbančios įvairiose Lietuvos chemijos pramonės įmonėse, laiko jį savo mokytoju.

Jonas Janickis ypatingai daug dėmesio skyrė mokslinio tyrimo darbui; sukūrė savo mokslinę mokyklą, išplėtojo kelias mokslinių tyrimų kryptis: sieros ir seleno junginių chemiją, pusiausvyros tyrimus druskų ir vandens sistemose, mangano ir seleno junginių elektrochemiją.

Akademiko Jono Janickio ir jo mokyklos mokslinio tyrimo darbai sulaukė atgarsio ne tik Lietuvoje, bet ir užsienyje.

Jam vadovaujant apgintos 45 kandidatinės (dabar daktaro) disertacijos ir konsultuojant - 6 habilituoto daktaro disertacijos.

Vaisinga ir įvairiapusiška akademiko J. Janickio veikla, nukreipta į mokslo plėtrą, mokslinių kadrų ugdymą, kūrybingų ir mąstančių inžinierių technologų rengimą, paliko gilų pėdsaką jį pažinojusių ir su juo dirbusių žmonių atmintyje.