1. Finansų politikos departamentas, į kurį perkelti Finansų, Statybos ir Turto valdymo skyriai.

2. Švietimo strategijos departamentas su Švietimo plėtotės skyriumi bei Informacijos ir ryšių su visuomene sektoriumi. Į departamentą perkelti Teisės ir Tarptautinio bendradarbiavimo bei Europos integracijos skyriai.

3. Bendrojo ugdymo departamentas, kurį dabar sudaro Švietimo organizavimo, Bendrojo ugdymo turinio ir Pedagogų rengimo ir kvalifikacijos tobulinimo skyriai.

4. Specialistų rengimo departamentas, į kurį perkelti Aukštesniųjų studijų, Profesinio rengimo, Suaugusių švietimo ir Registrų skyriai.

5. Socialinės politikos departamentas su Socialinių problemų ir Papildomojo ugdymo sektoriais. Antrasis Švietimo ir mokslo ministerijos reorganizavimo etapas bus pradėtas vykdyti 1999 m. liepos 1 d. Iki to laiko bus peržiūrėtos ministerijai pavaldžių įstaigų funkcijos, nuostatai, koreguojamas darbuotojų skaičius. Pačioje ministerijoje darbuotojų skaičius ir atlyginimų fondas lieka nepakitę.