Šiaulių universitete moksliniai tyrimai vykdomi humanitarinių, socialinių, fizinių, biomedicinos ir technologijos mokslų srityse. ŠU mokslo tiriamojoje veikloje, 1999 m. sausio 1 d. duomenimis, dalyvauja 331 darbuotojas. Iš jų – 9 habilituoti daktarai profesoriai, 1 – habilituotas daktaras docentas, 5 daktarai profesoriai, 3 profesoriai, 110 daktarų docentų, 15 daktarų, 21 docentas ir 168 kiti moksliniai darbuotojai. Dominuojanti universitete mokslinių tyrimų kryptis yra edukologija. Dalis mokslinių tyrimų skelbiama ŠU tęstiniuose žurnaluose: ,,Socialiniai tyrimai: tarpdisciplininis požiūris”, ,,Filologija”, ,,Specialusis ugdymas” bei straipsnių rinkinyje ,,Nežymaus protinio atsilikimo vaikų ugdymas”. Išleistas pirmas informacinis leidinys ,,Mokslas ir menas Šiaulių universitete 1993–1997 m.”. Tai mokslo ir meno darbų aprašas, nusakantis universiteto kūrimo pradinio etapo potencialą. Artimiausiu metu turėtų pasirodyti ir antrasis informacinis leidinys ,,Mokslas ir menas Šiaulių universitete 1998 m.”.

Platesni moksliniai tyrimai atliekami 9 universitete veikiančiuose mokslo centruose. Iš jų net 6 įsteigti praėjusiais metais. Mokslinio potencialo požiūriu stipriausias, veikiantis nuo 1996 m., yra prof.dr. J. Ambrukaičio vadovaujamas Specialiojo ugdymo mokslinis centras, kuriame dirba 12 mokslo darbuotojų. Šis centras skatina spartinti specialiojo švietimo pertvarką, specialiosios pedagogikos ir psichologijos mokslo plėtotę Lietuvoje.

Kitas pagal dydį mokslo centras – doc. dr. G. Merkio vadovaujamas Edukacinio testavimo centras. Jame dirba 7 mokslo darbuotojai. Centre formuojasi edukacinės diagnostikos mokslinė mokykla, konsultuojami doktorantai. Šiaurės Lietuvos istorijos centras (direktorė doc. dr. R. Trimonienė) tiria Šiaurės Lietuvos istoriją bendroje Baltijos šalių istorijoje. Beveik metus Universitete veikia doc. dr. G. Mažeikio vadovaujamas Kultūrinės antropologijos centras, atliekantis modernių socialinių grupių kultūrų simbolinius antropologinius tyrinėjimus, tautodailės, folkloro, netradicinių šiuolaikinio liaudies meno formų, Lietuvos fanzinų, graffiti tyrinėjimus. Dialektologijos centras, vadovaujamas doc. dr. J. Švambarytės, rengia ,,Joniškio šnektų žodyną”. Moters studijų centras (direktorė doc. dr. G. Čepaitienė) tiria įvairias moterų socialinio ir kultūrinio gyvenimo problemas, dalyvauja tarptautiniuose projektuose. Technologijos fakultete veikia Energetikos ir ekologiškai švarių technologijų centras, vadovaujamas doc. dr. V. Tričio. Atsižvelgdamas į miesto ir rajono poreikius, centras sprendžia aktualias energetinių šaltinių panaudojimo problemas: beatliekės odų gamybos technologijos kūrimo, energijos sąnaudos ir jų mažinimo galimybės Šiaulių mieste, tiria miesto oro užterštumą. Biomedicininių tyrimų centro, vadovaujamo prof. habil. dr. V. Lauručio, išskiriamos dvi kryptys: okulomotorinės sistemos tyrimas ir kompiuterių komunikacijos sistemų neįgaliesiems kūrimas, tyrimas ir adaptacija. Visuomenės sveikatos centras (direktorius doc. dr. J. V. Vaitkevičius) atlieka mokslinius tyrimus, kurių metu nagrinėjamos vaikų su cerebriniu paralyžiumi reabilitacijos problemos specialiojo ugdymo institucijose, tiriamas tuberkuliozės paplitimas ir profilaktika Šiaulių mieste, Šiaurės Lietuvos mokinių gyvensenos socialinės problemos, mokinių regos sutrikimai.

1998 m. balandžio 14 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Šiaulių universitetui suteikta teisė steigti socialinių mokslų srities edukologijos krypties ir bendrą su Klaipėdos universitetu humanitarinių mokslų srities filologijos krypties doktorantūrą. Šiaulių universitete studijuoja 40 doktorantų. 13 ŠU darbuotojų studijuoja kitų Lietuvos aukštųjų mokyklų ir mokslo institucijų doktorantūrose.

1998 m. apgintos 3 socialinių mokslų srities ugdymo (edukologijos) daktaro disertacijos. Iš viso 1998 m. daktaro disertacijas apgynė 6 universiteto darbuotojai. 1998 m. liepos 20 d. Šiaulių universitetui kartu su Vilniaus pedagoginiu universitetu suteikta teisė teikti habilituoto daktaro mokslo laipsnį.

Universitete nuolat vyksta moksliniai renginiai. 1998 m. surengti 2 moksliniai seminarai, 12 konferencijų – iš viso 14 mokslinių renginių. Iš žymesnių konferencijų visų pirma minėtina tradicinė filologų konferencija ,,Teksto analizė ir interpretacija”. Dialektologijos centras surengė konferenciją ,,Tarmės: tyrimas ir perspektyva”, skirtą kalbininkės dialektologės dr. Aldonos Jonaitytės 70-mečiui. Net dvi tarptautines konferencijas surengė Filosofijos ir istorijos katedra. Tai ,,Europa ir Lietuva” bei tarptautinė mokslinė konferencija ,,Moderniosios savivaldos susikūrimas ir jos raida Baltijos šalyse”. Tai buvo pirmasis universiteto politologų, filosofų ir istorikų, kaip organizuotos mokslininkų grupės, turinčios savo tyrimo objektą, prisistatymas Lietuvos mokslininkų bendruomenei.

Net 4 konferencijas surengė Specialiosios pedagogikos fakultetas. Didžiausia iš jų, sukvietusi net 350 dalyvių, mokslinė konferencija ,,Specialioji mokykla: praeitis, dabartis, ateitis”. Suorganizuota didelė Specialiosios pedagogikos fakulteto mokslinė konferencija ,,Lietuvių kalba specialiojoje mokykloje”.

Dailės fakulteto surengtoje tarptautinėje mokslinėje konferencijoje ,,Kūrybiškumo ugdymas mokant darbų ir buities kultūros bendrojo lavinimo mokykloje” perskaityti 73 pranešimai, iš jų 11 – Universiteto dėstytojų.

105 klausytojai dalyvavo Pedagogikos fakulteto mokslinėje konferencijoje ,,Pradinė mokykla demokratėjančioje visuomenėje”. Pedagogikos fakultete surengta tarptautinė konferencija ,,Matematikos pedagogika: retrospektyva ir perspektyva”.

Mokslinę konferenciją ,,Mergaitės socializacija: šeima ir mokykla” surengė Moters studijų centras. Praėjusiais metais doc. G. Merkio iniciatyva Edukacinio testavimo mokslinis centras surengė jau 10-ąjį nuolatinį edukologijos doktorantūros seminarą. 1998 m. surengtos įvairių fakultetų studentų mokslinės konferencijos, Dailės fakultetas organizavo studentų darbų kūrybinę parodą.

1999 m. numatoma Universitete organizuoti 19 konferencijų: gegužės mėnesį – mokslinę konferenciją ,,Kalbos kultūros darbas: patirtis ir problemos”, birželio mėnesį – mokslinę konferenciją ,,Miestų savivaldybių ūkio energetinės problemos ir jų sprendimas”, rugsėjo mėnesį – tarptautinę konferenciją ,,Demokratizacijos procesų įtaka kultūros vertybių apsaugai neurbanizuotoje vietovėje Vidurio Rytų Europoje”, spalio mėnesį - ,,Teologija ir edukologija amžių sandūroje” bei mokslinę konferenciją ,,Lietuvos pilietinės visuomenės etinės problemos”, lapkričio mėnesį – mokslinę konferenciją ,,Miestų aplinkos apsaugos problemos ir aplinkosauginis ugdymas švietimo įstaigose” bei III Respublikinę edukologijos doktorantų ir jų mokslinių vadovų konferenciją ir kt.