Šiaulių universitete aukštos kvalifikacijos specialistai rengiami pagal 57 valstybiniame registre įregistruotas programas: 40 pagrindinių studijų, 5 specializuotų profesinių ir 12 magistrantūros studijų programas. Anksčiau Šiaulių aukštosiose mokyklose (ŠPI ir KTU ŠPF) buvo rengiami pedagogai ir inžinieriai: parengta per 30 tūkst. mokytojų ir per 2 tūkst. inžinierių. Dabar Šiaulių universitete studijos vyksta pagal keturias sritis: humanitarinių, socialinių, fizinių ir technologijos mokslų. Iš dabar studijuojamų 57 studijų programų net 23 yra naujos, t.y. tos programos vykdomos tik pirmi, antri ar treti metai, pagal jas dar neišleista nė vienos absolventų laidos. Šiais metais bus pradėtos studijos pagal tokias naujas studijų programas: Dailės (tapyba) - pagrindinės profesinės studijos, Mechanikos inžinerijos - magistrantūros studijos, Siuvinių technologijos - specializuotos profesinės studijos.

Pertvarkytos 5 programos Humanitariniame fakultete (Lietuvių filologija, Anglų filologija, Prancūzų filologija, Vokiečių filologija, Rusų filologija) ir 4 programos Fizikos ir matematikos fakultete (Matematika, Informatika, Fizika, Fizika ir informatika). Šiuose fakultetuose mokytojo profesinė kvalifikacija galės būti įgyjama įsisavinant papildomą studijų programą paraleliai su pagrindinėmis bakalauro studijomis arba po bakalauro studijų penktaisiais studijų metais. Studijų programa “Dalyko pedagogika” jau parengta ir atsižvelgus į ekspertų pastabas artimiausiu metu turėtų būti tvirtinama ir registruojama.

Rengiamos tokios naujos studijų programos: Istorija, Taikomoji ekologija, Žmogaus ir aplinkos apsauga, Informacinės technologijos, Specialioji psichologija, Filosofija ir politiniai mokslai - pagrindinės bakalauro studijos; Žurnalistika, Latvių kalba ir literatūra, Švedų kalba ir literatūra, Amerikos civilizacija, Vertimas, Paveldosauga - specializuotos profesinės studijos; Socialinė pedagogika ir psichologija, Buities kultūra ir technologijos - magistrantūros studijos. Svaresnį žodį naujų programų diegimo srityje turėtų tarti jauniausias Socialinių mokslų fakultetas.

Būtina Šiaulių universitete plėsti magistrantūros studijas, diegti naujas programas, pvz.: Socialinė pedagogika ir psichologija, Ekonomika ir kitos.

Plečiant universitetines studijas, svarbus ir reikšmingas yra ŠU Kvalifikacijos institutas, kuriame nuolat vyksta pedagogų ir kitų sričių specialistų tobulinimas, atestacija bei perkvalifikavimas, 1998 m. pateiktos 89 tobulinimosi programos. Nauja ir perspektyvi Kvalifikacijos instituto darbo kryptis – gydytojų perkvalifikavimas bei kvalifikacijos kėlimas.

Šiaulių universiteto studijų proceso organizavimas tobulinamas: parengti naujo tipo studijų dokumentai, įsisavintos ir pradėtos naudoti kelios naujos kompiuterinės programos, suformuota ŠU modulių bazė (per 2700 modulių), parengtos ir išleistos studijų modulių ir programų knygos ir t.t.

Patys artimiausi darbai ir perspektyvos būtų: 1) studentus skatinti stažuotis užsienio universitetuose; 2) kviesti iš kitų šalių studentus mokytis lietuvių ir rusų kalbų pagal parengtas vienerių metų programas pradedantiesiems ir siekiantiems studijuoti įvairias programas ar jų atskiras dalis ŠU; 3) pereiti prie naujos užsienio kalbų mokymo politikos; 4) 1999 m. rugsėjį pagal studentų anketinę apklausą įvertinti dėstomų studijų modulių ir dėstymo kokybę ir kt. darbus.