Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę ir pakeitus sovietinį planinį ūkininkavimą, iškilo būtinybė rengti specialistus, sugebančius dirbti laisvos rinkos sąlygomis. Akademijai reikėjo nedelsiant persitvarkyti ir derintis prie ES valstybių universitetų. Tai iš esmės buvo atlikta vadovaujant rektoriui R. Urbonui.

1996 m. spalio 8 d. Lietuvos Respublikos Seimo sprendimu Akademija tapo Lietuvos žemės ūkio universitetu.

Prie LŽŪU pirmą kartą Lietuvoje buvo įsteigta Hidrotechnikos ir žemėtvarkos kolegija. Taigi aukštesniojo ir aukštojo mokslo įstaigos gali bendrauti, o kolegijos gali tapti neuniversitetinėmis aukštosiomis mokyklomis. Dabar Universitetas turi 5 mokomuosius korpusus:Bandymų stotį, Mokomąjį ūkį, studentų ir dėstytojų gyvenvietes; savo spaustuvę, kurioje leidžiama metodinė ir mokslinė literatūra; bibliotekos fonduose sukaupta apie 600 tūkst. knygų.

Universitete mokosi per 5000 studentų ir magistrantų, 75 doktorantai. Į pirmą kursą priimta 1220 jaunuolių. Dirba 460 dėstytojų. Per 75 metus parengta daugiau nei 31000 specialistų, atkūrus nepriklausomybę - daugiau nei 6000.

Universitetas suteikia daktaro ir habilituoto daktaro mokslo laipsnius, docento ir profesoriaus pedagoginius vardus biomedicinos, technologijos ir socialinių mokslų srityse. Šiose srityse Universiteto (Akademijos) mokslininkai atliko daug fundamentinių tyrimų, kurių rezultatai parodyti moksliniuose straipsniuose, knygose, monografijose.

Už svarius mokslinius darbus ir veikalus kai kuriems Akademijos profesoriams, docentams ir mokslo darbuotojams buvo skirtos Respublikinės premijos.

1997 m. švenčiant Lietuvos universiteto Kaune 75-metį, žymiausiems Universiteto profesoriams ir docentams buvo įteikti Valstybiniai apdovanojimai (Gedimino ordinai ir Gedimino ordino medaliai).

Nuo 1997 m. LŽŪU vadovauja kelioms ŽŪ ministerijos finansuojamoms mokslinėms programoms. Mokslinio tyrimo programos prisidėjo prie tolesnio bendradarbiavimo bei integracijos, žemės ūkio mokslo ir studijų institucijų plėtojimo Lietuvoje.

Ypač teigiamu dalyku laikytinas mokslinių darbų ir programų ataskaitų svarstymas jungtiniuose LŽŪU ir giminingų institutų mokslininkų posėdžiuose.

Kartu su profesinėmis atskiros srities specialistų (hidrotechnikos ir žemėtvarkos, miškininkų) sąjungomis atkurtas tęstinis mokymas, tvirtėja ryšiai su Žemės ūkio rūmais, emės ūkio konsultacine tarnyba, Ūkininkų sąjunga ir gamybinėmis organizacijomis.

Jau daugelį metų Universitete vyksta įvairios žemės ūkio parodos, kurias organizuoja naujai įkurtas Žemės ūkio mokslo ir technologijų parkas kartu su Kauno apskrities administracija ir Žemės ūkio rūmais, parodas remia Žemės ūkio ministerija, laikraštis ‘’Ūkininko patarėjas”, žurnalas ‘’Mano ūkis”, įvairios firmos, AB ir UAB. Parodų metu rengiami įvairūs seminarai, kuriuose ne tik Universiteto, bet visos Lietuvos žemės ūkio krypties mokslininkai ir praktikai, ministerijos darbuotojai pateikia naujausias žinias bei perteikia patyrimą parodos lankytojams, ūkininkams ir absolventams.

Universiteto mokslininkai aktyviai dalyvauja rengiant žemės ūkio enciklopediją, kurios pirmasis tomas jau išleistas.

Nors aukštojo mokslo, taip pat ir mūsų Universiteto, finansavimas yra labai skurdus ir susiduriame su daugeliu materialinių sunkumų, pernelyg maži mūsų darbuotojų uždarbiai, nepavyksta pašalinti ir kai kurių mūsų darbo trūkumų, visgi visose veiklos srityse jaučiama pažanga. Ji pasiekta ilgamečio ir įtempto darbo pastangomis. Atskirų padalinių veiklos rezultatai buvo įvardyti šįmet švenčiant Agronomijos fakulteto ir Fizikos bei Chemijos katedrų 75 metų jubiliejus, Ekonomikos fakulteto 50-metį, Žemės ūkio mašinų katedros 70-metį, Hidrotechnikos, Statybinių konstrukcijų, Mašinų gamybos ir serviso katedrų 50-mečius bei Apskaitos ir finansų katedros 30-metį.

Lietuvos žemės ūkio universitetas, pagrindinis Lietuvos žemės, miškų ir vandens ūkio mokslų ir studijų centras, gausina ir skleidžia mokslo žinias, reikalingas žemės, miškų, vandens išteklių racionaliam ir tausojamam naudojimui, rengia aukščiausios klasės specialistus dirbti žmonių bei valstybės gerovei.

Lietuvos žemės ūkio universitetas tarnauja Lietuvos valstybei, puoselėja savo tautos kalbą ir kultūrą, veikia kiekvieno piliečio ir valstybės naudai, padeda Vyriausybei formuoti šalies agrarinę politiką; kartu siekia tarptautinio pripažinimo, palaiko nuolatinį ryšį su užsienio šalių universitetų akademine bendruomene, pripažįsta Europos universitetų chartiją.

XXI a. Universitete turi būti plėtojami fundamentiniai, teoriniai mokslai, kurie sudarys tvirtą pagrindą taikomiesiems tyrimams atlikti ir žemės ūkio technologijoms tobulinti. Be to, turi didėti tęstinio mokymo reikšmė ir stiprėti ryšiai su gamyboje dirbančiais absolventais. Lietuvos žemės ūkio universitetas turėtų tapti savotiška dirbančių specialistų, ūkininkų, žemės ūkio įmonių vadovų Meka, kad jie Universitete gautų visapusišką naujausią informaciją įvairiais jiems rūpimais klausimais.

Svarbu, kad ir toliau stiprėtų mokslo ir studijų bei gamybos ryšiai. Šitaip dirbdami prilygtume JAV ir daugelio Vakarų Europos šalių aukštajam mokslui, kur studijos, mokslas, nuolatinis ryšys su gamyba ir tęstinis mokymas labai glaudžiai susieti. Amerikiečių mokslininkai įsitikinę, kad toks modelis sąlygojo spartų JAV technologijų vystymąsi.

Universiteto veiklos kryptys:

• tyrimų biomedicinos, socialinių ir technologijos mokslų srityse plėtra bei mokslininkų rengimas;
• studijų programų kūrimas ir studijų organizavimo tobulinimas;
• studentų aktyvumo, savarankiškumo ir pilietiškumo ugdymas;
• mokslo žinių bei pažangaus patyrimo skleidimas;
• ryšių su visuomene plėtojimas;
• darbuotojų ir studentų darbo ir poilsio sąlygų gerinimas;
• Universiteto bendruomenės santykių humanizavimas, tautos ir universiteto tradicijų puoselėjimas.